Secara sejarahnya, SMK Taman Molek,Johor Bahru dibuka sepenuhnya pada 22 Februari 2002. Sebelum mempunyai bangunan sendiri, pelajar SMK Taman Molek menumpang di SK Taman Molek dari 21 Januari 2002. Sesi pengajaran dan pembelajaran dimulakan hanya 10 tenaga pengajar sahaja dengan 298 pelajar iaitu 5 kelas tingkatan 1 dan 3 kelas tingkatan 2.